In juni 1940 werd de gemeenteraad onder toezicht geplaatst van een Duitse Beauftragter. Nog in hetzelfde jaar moesten het CPN-raadslid en het joodse raadslid het veld ruimen. Een jaar later werden de politieke partijen opgeheven. Per 1 september 1941 trof dit lot ook de gemeenteraden. De Utrechtse gemeenteraad kwam op 28 augustus 1941 voorlopig voor het laatst bijeen. Het college van B & W bleef in functie. Toen burgemeester G.A.W. ter Pelkwijk in april 1942 werd afgezet en vervangen door een NSB'er, traden ook de wethouders af. Na de bevrijding keerde het oude college - aangevuld met een voormalig gemeenteraadslid in de plaats van een overleden wethouder - terug op het stadhuis. Op 29 november 1945 werd een tijdelijke gemeenteraad ingesteld. In 1946 werden de eerste naoorlogse raadsverkiezingen gehouden.