In 1988 werd drs. I.W.L.A. Caminada benoemd tot gemeentearchivaris. In 1992 werd dr. J.A.M.Y. Bos-Rops de eerste vrouwelijke rijksarchivaris. Het vertrek van Caminada in 1995 werd aanleiding voor een bestuurlijke bezinning op de toekomst van Rijks- en Gemeentearchief in Utrecht. Met de benoeming van dr. M.W. van Boven als gemeentearchivaris van Utrecht en waarnemend rijksarchivaris in de provincie Utrecht werd de eerste stap gezet naar de fusie, die op 1 mei 1998 onder leiding van drs. J.T.J. Jamar daadwerkelijk van start is gegaan. Het gemeentearchief en het rijksarchief gingen samen in Het Utrechts Archief. Per 1 december 2005 werd Saskia van Dockum benoemd tot directeur van Het Utrechts Archief.