Als gemeentearchivaris werd Muller in 1919 opgevolgd door mr. W.C. Schuylenburg, als rijksarchivaris in 1921 door Klaas Heringa. Het museum had in deze tijd een onderdirecteur. Pas in 1940, bij het vertrek van gemeentearchivaris Schuylenburg, werd het museum een zelfstandige dienst. Schuylenburg werd opgevolgd door mr. J.W.C. van Campen, die het archief door de oorlogsjaren wist te loodsen. Voor het rijksarchief was deze taak toebedeeld aan B.M. de Jonge van Ellemeet, die in 1946 werd opgevolgd door A.J. van de Ven. Het gebouw aan de Drift kampte in deze jaren met een groeiend ruimtegebrek. Het gemeentearchief huurde een leegstaande winkel aan de Voorstraat en richtte daar een restauratie-atelier in. De etalage kon gebruikt worden voor exposities van reproducties.
Traditioneel werd de hogere archiefambtenaar die naast de gemeentearchivaris in dienst was "chartermeester" genoemd, een fraaie term die tegenwoordig in onbruik is geraakt. Vanaf 1940 tot 1954 was deze functie van "chartermeester" echter niet ingevuld. In dat laatste jaar werd dr. J.E.A.L. Struick als zodanig benoemd. Hij volgde in 1964 Van Campen op als gemeentearchivaris. Een jaar daarvoor was dr. M.P. van Buytenen benoemd tot rijksarchivaris in Utrecht, in 1975 opgevolgd door prof.dr. C. Dekker.