De oorsprong van Het Utrechts Archief is gelegen in een kist met charters, die in de middeleeuwen bewaard werd in een van de stadspoorten, de Catharijnepoort. Deze poort werd overigens ook gebruikt als kruitdepot, wat het begrijpelijk maakt dat het toenmalige 'stadsarchief' van de stedelijke overheid van Utrecht naar een andere locatie werd verplaatst. Vanaf 1546 was dit in het huis Lichtenberg op de Stadhuisbrug. Van enige ordening was toen nog geen sprake. In deze jaren zijn grote delen van het archief van de schepenen en dat van de oudermannen van de gilden verloren gegaan.
De latere burgemeester Booth maakte deel uit van de raadscommissie die in 1639 werd ingesteld om het archief op orde te brengen. In 1654 wierp een archiefcommissie onder zijn leiding zich op het beheer van de charters. Er werd een nieuwe charterkast vervaardigd, waar de charters keurig opgevouwen in laatjes konden worden gelegd. Er waren inmiddels ook archieven bijgekomen, zoals dat van de weeskamer, die in Utrecht als de "momboirkamer" (momber = voogd) wordt aangeduid.
In 1713 werd het archief binnen het stadhuis naar een andere ruimte gebracht, waarna gedurende de hele achttiende eeuw werd geklaagd over de "confuse" toestand van de archieven. Zouden bij deze interne verhuizing de archieven in willekeurige volgorde zijn opgestapeld?