De eerste archivaris en de archiefwet
De eerste archivaris werd aangesteld in de Franse tijd. Aanleiding was het verzoek van Hendrik van Wijn, de kersverse archivaris van de Bataafse republiek. Deze wilde een inventaris van de staatspapieren van het departement Utrecht. Op 13 april 1803 benoemde het departementaal bestuur de Utrechtse schepen Petrus van Musschenbroek tot "archivarius honorair" van het departement van Utrecht. Op 17 oktober volgde zijn aanstelling als archivaris van de stad Utrecht. Het gemeentebestuur stelde in zijn instructie: "De Archivarius zal trachten een behoorlijk Register te maaken van de Archiven zelven, en die in zodanige orde schikken, dat zij des te dienstiger zijn voor de Stad." Daarbij had het bestuur niet alleen haar eigen administratie op het oog, maar ook de burger met belangstelling voor het verleden. Nog in de achttiende eeuw kregen onderzoekers zonder connecties nauwelijks toegang tot archieven. Maar Van Musschenbroek produceerde weinig inventarissen voor onderzoekers en legde zich meer toe op zijn eigen historisch onderzoek. Daarvoor kocht hij ook de collectie charters, archiefstukken en afschriften aan die zijn leermeester Bondam in de loop der jaren had vergaard. Hoewel die collectie deels was opgebouwd ten koste van het stadsarchief, beschouwde Van Musschenbroek dit als persoonlijk eigendom en het duurde tot 1888 voordat het merendeel van de stukken weer in Utrecht terug was.
Inmiddels had de Franse overheid de Utrechtse kapittels onteigend en opdracht gegeven om de archieven te versturen naar Parijs. Van Musschenbroek assisteerde bij de selectie en inventarisatie van de over te brengen archieven. De val van Napoleon voorkwam de feitelijke toezending: de archieven bleven in Utrecht.
Vanaf die tijd ging de landelijke overheid steeds meer toezien op het beheer van archieven. Het Koninklijk Besluit van 23 december 1826 verplichtte provincies en gemeenten tot registratie en inventarisatie van hun archiefmateriaal. De wanorde en het gebrek aan personeel waren de reden dat dit bij de gemeente nauwelijks vorm kreeg. Voor de kapittelarchieven was Christiaan Paulus de Vos benoemd tot archivaris. Deze kapittelarchieven zouden de basis vormen voor het latere Rijksarchief in Utrecht. De opvolger van De Vos, Gerrit Dedel, werd zelfs al aangesproken als "rijksarchivaris". De archieven berusten in die tijd nog in verschillende kerkelijke gebouwen in de stad.