De Zendingshogeschool (ZHS) was opgericht in 1947 en fuseerde in 1971 met de Zendingsopleiding van de Gereformeerde Kerken te Baarn tot het Hendrik Kraemer Instituut (HKI). De structuur en de geboden opleiding waren, wat de Hervormde Kerk betreft, geregeld in de Generale Regelingen bij Ordonnantie 7-12-2 van de Kerkorde. Zowel ZHS als HKI boden niet meer, als voor de oorlog de NZS, een vakopleiding voor zendelingen, maar een aanvullende opleiding voor hen die reeds een studie of opleiding hadden afgerond en zich hadden aangemeld dan wel waren gevraagd voor uitzending door de zending of een andere kerkgerelateerde organisatie. Theologen volgden de "lange cursus" van acht maanden, die werd afgesloten door het kerkelijk erkende "zendingsexamen", gevolgd door de bevestiging als zendingspredikant. Medici en andere niet-theologen volgden de "korte cursus" van vier maanden. In het begin van de jaren zeventig werd de opleiding gereorganiseerd en bekort: vanaf die tijd werd de benaming "lange cursus" gebezigd voor de vier maanden durende opleiding die gevolgd werd door zowel theologen en niet-theologen, ook wel "basiscursus" genoemd; daarnaast was er toen de oriëntatie- of acculturatiecursus van vier, nog weer later drie weken voor hen die uitgingen in het kader van ontwikkelingswerk (DOG-ers).

Opleiding en internaat stonden open voor candidaat-zendingsarbeiders van andere zendingsorganisaties; de Gereformeerde Zendingsbond bij voorbeeld, die bij de verkerkelijking van de Hervormde zendingscorporaties in 1951 zich afzijdig had gehouden, liet al zijn zendingsarbeiders in Oegstgeest opleiden; voor deze dienstverlening moest wel een financiële vergoeding worden gegeven. ZHS en HKI werden geleid door een rector, die benoemd werd door het curatorium onder goedkeuring van de Hervormde (vanaf de fusie in 1971: en de Gereformeerde) Synode. In 1998 werd het curatorium opgeheven; een jaar later werd een Commissie van Advies gevormd. Rectoren waren: (1947-1969 dr. E. Jansen Schoonhoven (1947-1969), 1969-1976, dr. I.H. Enklaar (1969-1976), dr. D. Bakker (1976-1987), dr. B.F. Drewes (1987-1992/3) en dr. J.J. Visser (1993-2002). Sinds 1971 was er ook een conrector. ZHS en HKI hadden een eigen bureau met een secretaris. De kerkordelijk voorgeschreven vakken waren missiologie, niet-christelijke godsdiensten, culturele antropologie (voorheen land- en volkenkunde), agogiek, zonodig de taal of talen van het land of de streek van bestemming, voorts die vakken die door het curatorium noodzakelijk of wenselijk geacht werden. De rector en later de conrector waren in vaste dienst; andere vakken werden gegeven door docenten van buiten, onder wie de oud-zendingsarbeiders C.L. van Doorn, F.C. Kamma en I.S. Kijne.

Evenals voor de oorlog het geval was geweest, maar nu in veel mindere mate, kwamen Leidse hoogleraren colleges verzorgen: prof. dr. K.A.H. Hidding, prof. dr. G.W. Locher en prof. dr. A. Teeuw. Naast de reguliere opleiding van zendingsarbeiders verzorgden ZHS en HKI allerlei cursussen en weekenden voor geïnteresseerden, onder meer studenten en jonge predikanten. Het HKI had een gespecialiseerde bibliotheek, met in 1985 20.000 titels. Hierin waren in de eerste decennia van de twintigste eeuw de bibliotheken van de vroegere zendingscorporaties samengebracht, die teruggingen tot op het einde van de achttiende eeuw, de tijd waarin het NZG werd opgericht. Voor de bibliotheek was een bibliothecaris in vaste dienst, met een assistente (gedurende vrijwel de gehele periode, 1954-1989, was dat mw. J.M.J. Werner). Aan de bibliothecaris was tevens de zorg voor het archief opgedragen.